1961 : Pendirian IAIN Cabang Surabaya berdasarkan SK Menteri Agama No. 17 Tahun 1961 IAIN Cabang Surabaya merupakan bagian dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Memiliki 2 fakultas di daerah. Fakultas Syariah di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah di Malang.

1965 : IAIN Cabang Surabaya resmi disebut IAIN Sunan Ampel Surabaya Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI No. 20 Tahun 1965 Tanggal 5 Juli 1965* Memiliki 3 Fakultas di Daerah. Fakultas Syariah di Surabaya, Fakultas Tarbiyah di Malang, dan Fakultas Ushuluddin di Kediri 5 Juli 1965 ditetapkan sebagai Hari Lahir IAIN SA/UINSA.

1994 : Program Pascasarjana dengan Program Studi (Prodi) Magister Pascasarjana Dirosah Islamiyah pertama kali dibuka dan disahkan berdasarkan keputusan Menteri Agama RI No. 286 Tahun 1994 1 Agustus 1994 dijadikan sebagai Hari Berdirinya Pascasarjana IAIN SA/UINSA.

1997 : IAIN Sunan Ampel Resmi menjadi Kampus mandiri tanpa fakultas di Daerah berdasarkan Keputusan Presiden No. 11 tahun 1997.

2013 : IAIN Berubah statuta menjadi UIN Sunan Ampel (UINSA) Surabaya berdasarkan Peraturan Presiden No. 65 Tahun 2013 tanggal 2 Oktober 2013.

2014 : Berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI No. 8 Tahun 2014 Tanggal 28 April 2014 UINSA Resmi memiliki 9 Fakultas dengan 1 Program Pascasarjana.

UINSA terletak di pusat Kota Surabaya, Jawa Timur. Satu dari beberapa perguruan tinggi tertua di Indonesia. Tahun 2019, berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 167/SK/BAN-PT/Akred/PT/IV/2019, UINSA telah resmi terakreditasi A secara institusi. Dalam sistem pembelajaran, UINSA menawarkan rangkaian pilihan Prodi yang terakreditasi secara nasional. Serta mengadaptasi standar internasional dalam penyelenggaraan pendidikan dan pengelolaan perguruan tinggi. UINSA juga menawarkan sistem belajar yang berkualitas dan pengalaman hidup yang berkarakter bagi para mahasiswa. Dan berpeluang menikmati suasana kehidupan di kota besar kedua di Indonesia dengan lokasi kampus yang sangat strategis di Kota Surabaya.

Dalam rangka menunjang penyelenggaraan pendidikan, UINSA didukung dengan fasilitas sarana dan prasarana yang memadai. UINSA memiliki dua kompleks kampus. Kampus 1 beralamat di Jl. A Yani No. 117 Surabaya, sedangkan kampus 2 berlokasi di Wilayah Kecamatan Gunung Anyar yang saat ini dalam tahap pembangunan. Total luas kampus 1 maupun kampus 2 yaitu 259.662 m2.

Saat ini, UINSA juga memiliki gedung-gedung yang digunakan untuk menunjang kegiatan akademik maupun non akademik dengan luas total 87.509,67 m2. Diantaranya terbagi dalam beberapa Fakultas-fakultas yang tersebar di UINSA. Fasilitas lainnya, adalah Laboratorium yang berjumlah 53 Laboratorium dan tersebar di berbagai fakultas dengan luas total 3.222,00 m2. Untuk keseluruhan gedung, sarana, dan prasarana dibiayai dari APBN, SBSN, IDB dan dana HIBAH.

Pada tahun 1961, UINSA yang kala itu masih berstatus sebagai IAIN Cabang Surabaya merupakan bagian dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (Saat ini UIN Sunan Kalijaga). Bertindak selaku Rektor adalah Prof. R.H.A. Soenarjo, SH., yang juga dikenal sebagai Presiden IAIN pertama di Indonesia. Sedangkan untuk Fakultas Syariah di Surabaya, dipimpin Dekan Prof. KHM. Syafii A. Karim. Selanjutnya Fakultas Tarbiyah di Malang dipimpin Prof. Mr. Moh. Koesnoe, SH. Termasuk, pada 1 Oktober 1964 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 66 Tahun 1964 terkait berdirinya Fakultas Ushuluddin di Kediri yang dipimpin Dekan KH. A. Zaini.

Selanjutnya, setelah resmi menjadi kampus mandiri tanpa fakultas di daerah IAIN SA atau UINSA hingga periode 2022-2026 dipimpin oleh 10 Rektor, antara lain:

• 1965-1972 : Prof. H. Teuku Ya’qub Isma’il, SH., MA
• 1972-1975 : Prof. Dr. Syafi’i A. Karim
• 1975-1987 : Drs. Marsekan Fatawi
• 1987-1992 : Dr. H. Bisri Afandi, MA
• 1992-2000 : Drs. KH. Abd. Jabar Adlan
• 2000-2008 : Prof. Dr. H. M. Ridlwan Nasir, MA
• 2009-2012 : Prof. Dr. H. Nur Syam, M.Si.
• 2012-2018 : Prof. Dr. H. Abd. A’la., M.Ag.
• 2018-2022 : Prof. H. Masdar Hilmy, S.Ag., MA., Ph.D.
• 2022-2026 : Prof. Akh. Muzakki, M.Ag., Grad.Dip.SEA., M.Phil., Ph.D