Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana didirikan berdasarkan Akta Notaris RM. Soerjanto Partaningrat, SH. Nomor 7 tanggal 5 Maret 1998. Dibawah pengelolaan Yayasan Nusa Megarkencana yang selanjutnya disebut YAYASAN, nama STIE GAMA disesuaikan dengan nama Yayasan menjadi STIE Nusa Megarkencana (STIENUS JOGJA). Saat ini kampus STIENUS JOGJA terletak di Jl. AM. Sangaji Kavling 49-50 Yogyakarta.

STIENUS JOGJA memiliki peran dan tanggungjawab yang sama dengan Perguruan Tinggi Swasta lainnya dalam melaksanakan misi Pendidikan Nasional karena Perguruan Tinggi Swasta merupakan salah satu sub sistem dalam menyelenggarakan pendidikan nasional yang eksistensinya telah tercermin dalam GBHN dan Undang- Undang tentang sistem pendidikan nasional.

STIENUS JOGJA berdiri dibawah Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana dan didalam pengelolaanya dipimpin oleh Ketua Sekolah Tinggi Drs. H. Widodo Mulyosuprapto, MM.

Pada tanggal 23 Juni 2005 Program Studi Akuntansi STIENUS JOGJA memperoleh status akreditasi dengan peringkat Akreditasi A ( Baik Sekali ) melalui Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor : 008/BAN-PT/ Ak-IX/S1/VI/2005. Dan pada tanggal 26 Mei 2004 Program Studi Manajemen STIENUS JOGJA memperoleh status Akreditasi dengan peringkat Akreditasi B ( Baik ) melalui Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor : 019/ BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004. Progam studi di STIENUS JOGJA dilaksanakan dengan sistem kredit semester dan acuan kurikulum yang berbasisi teknologi informasi dan kewirausahaan. Hal ini sesuai dengan VISI STIENUS JOGJA menjadi lembaga pendidikan tinggi dalam ilmu manajemen dan akuntansi yang kompeten, dibidang kewirausahaan dan teknologi informasi dalam lingkunan global serta memiliki integritas dan terpercaya. Dimana penerapan visi ini diejawantahkan ke dalam Misi STIENUS JOGJA yaitu mencetak mahasiswa profesional yang dibekali pengetahuan mendalam ( intelektual tinggi ) serta mencetak sarjana yang memiliki kecerdasan, Keunggulan, kearifan dan integritas tinggi.